南海郡国朝廷审政会一干世家大族立刻投降元朝，元朝设立“达鲁花赤府”以镇守南海。初代达鲁花赤名为“鲁奇都”十分友善，但7年之后便被召回大都，执政七年未立南海王。元朝派遣的第二位达鲁花赤名为“哈赤木奇”极为残暴和好色，刚刚上任便娶了第十一代南海郡王的仅有的两位女儿为妾，并立年纪较小的那个女儿为第十二代南海郡王。当第十二代南海王和哈赤木奇生出儿子后，哈赤木奇便立自己的儿子为第十三代南海郡王。
哈赤木奇一直统治着南海郡国，待哈赤木奇年迈时，上书元朝，希望南海国独立，元朝皇帝恩准，哈赤木奇独立之后，统治手段软化许多，为了制衡审政会权利，推行“科举选仕”制度，元朝汉人便再次开启移民潮。
南海郡国朝廷审政会中的世家，一直在不断的积蓄力量，以求废除哈赤木奇的达鲁花赤治府的统治，世家领导人则是第十一代南海王的侄子李之恩。
南海国从元朝独立出之后的第三年，哈赤木奇病逝，在岭王李之恩的带领下，南海郡朝廷审政会和李之恩的岭王军起兵，对第十三代南海王兵谏，最后十三代南海王将王位禅让给李之恩。
李之恩，十一代南海王的亲侄子（其弟之子），早年间随鲁奇都回到大都，成为鲁奇都的得意门生，鲁奇都后来官至宣政院大都督。在得知南海现状后，拜见皇帝，说明情况。皇帝封李之恩为岭南王，并御赐岭南王军总督军的腰牌，以节制哈赤木奇。李之恩，回到南海便招兵买马，得到了宣政院的支持，很快在南海国和元朝交接处就拉起了一支兵马。但是由于南海的哈赤木奇私人卫队余威犹在，并且此时南海以元朝为尊的情况没有变化，所以在没有明确的圣旨或其他旨意的时候，李之恩一再忍让。
元朝允许南海国独立之后，哈赤木奇被圣旨封为南海国监国丞相，直到哈赤木奇死后，经鲁奇都多方活动，元朝朝廷封李之恩为监国丞相。
哈赤木奇临死的时候，让属下岱钦接替自己的职务，辅佐第十三代南海王，围剿李之恩，李之恩无奈之下起兵，最终对第十三代南海王施以兵谏。
李之恩，任南海王后，上书宣政院，将“南海郡国”改为“岭南郡国”但被驳回。后又上书，将“南海郡国”改为“南岭郡国”经多方活动，最后成真。此事，标志着“南海郡国”谢幕和“南岭郡国”开启。
明朝建立，李之恩之子上书明太祖，以求归为属国，明太祖恩准，并希望李之恩能到访南京，然在去南京的路上95岁李之恩病逝。
在元朝时期，出现了多次的移民潮，直到明朝建立，才不在有移民高潮的出现，史称第三次移民潮，是人数较多的一次。
明太祖派遣大量官员以帮助南岭郡国，使得南岭郡国的政权一步步的被明朝控制，因此南岭郡国的官员和明朝官员产生诸多矛盾，孝文帝上台时期便撤回了部分官员。但在永乐皇帝时期，因受到大量恩惠及贸易恩惠，并且允许南岭郡国船只靠岸经商，明朝派驻的官员又多了起来。而南岭统治阶层以及朝廷审政会为工具，几乎垄断了对明朝贸易，并以此为基础，增强中央朝廷的统治力度。
永乐皇帝驾崩后，恩惠和贸易逐渐减少，直到明英宗之后，明朝加强禁海管理，并对南岭郡国的恩惠奖赏及船行贸易，类比朝鲜等附属国，不在派驻明朝官员。至此，明朝放弃了对南岭郡国的控制。
南岭郡国跟明朝贸易进一步萎缩后，原本欣欣向荣的南岭郡国的经济便出现了极大的下滑，被史学家称为“英宗断贸”，这也代表着南岭中央统治世家的朝廷审政会的权势渐渐减弱，而靠走私等非法途径同明朝贸易的藩镇，成为了郡国的主角，变的富有而强势。短短几十年南岭郡王有三个被迫退位，出现了五个幼年登基。朝廷审政会在地方割据中一开始处在尴尬的位置上，一些强势的藩镇的头领摇身一变，充斥到朝廷审政会中，原本的一些世家大族则被排挤出去。一时间朝廷审政会从十二席位猛增到六十多席，强势的藩镇控制了朝廷审政会，但对地方的控制力度越来越小，最后出现了“七郡九城”之争。七个大郡镇和九个大城镇，分别开始了对中央权力的争夺，而笑到最后的是景葡城主李华章。