第一波次的攻击，成功地摧毁了由近岸、近地和远程反导系统所组成的暗河公司火力拦截系统，暗河公司成了一处不设防的区域。
这为第二波次的攻击提供了强有力的保障。
未等暗河公司组织有效的反击措施，500架战略轰炸机群向其有价值的军事目标，发动了第二轮空袭。
这些目标包括武器制造工厂、造船厂及军用机场和机库。
500架战略轰炸集群向上述目标倾覆了高达2000枚空对地导弹及30000万吨航空炸弹。
没有了反导系统的暗河公司，成了这些导弹和航空炸弹肆意攻击的目标。
短短的3分钟之内，暗河公司就被汹涌的烈火和冲天的火焰所吞噬，连绵不绝的爆炸响彻整个夜空，半个天空都被烧得通红。
第二轮攻击过后，暗河公司辖区内的军事目标被悉数摧毁，7座武器制造工厂化为一片焦土，2座造船厂、3座军用机场和8处机库也在凛冽的攻击中成为一片废墟。
但其武器研发中心和新式武器试验基地却完好无损，这并非危机计划署战前情报失误所致，而是其有意为之。
一个具备研发和实验新式武器的暗河公司，对于危机计划署是大有裨益的。
摧毁它们不是这次清剿的目的，它们在日后将发挥举足轻重的作用。
第二波次的导弹攻击过后，暗河公司仅存的1500余架装备了可控核聚变发动机的战机和623架空间飞行器腾空而起，这些战机和空间飞行器是在两波次的攻击中幸免于难的。
它们也是被迫升空的，留在地面只有被摧毁，与其如此，不如奋力一搏。
但它们似乎并非为了参与战斗，而是加速向泰伯星人在地球上所建立的新基地飞去...
显然，它们想保存实力。
危机计划署的3000架空间战机杀意正酣、岂能容忍它们逃脱，它们尾随而去。
在相距500公里的距离上，3000架空间飞行器迅速锁定了目标，一阵齐射过后，6000枚导弹呼啸而出。
尽管暗河公司的战机和空间飞行器采取了释放诱饵弹和紧急规避的动作，但仍有超过一半的目标被击中，它们化作一个个燃烧的火球，坠落到了茫茫的大海之上。
剩下的战机和空间飞行器眼看逃脱无望，它们调转机头向危机计划署的空间飞行器集群高速冲来，在飞行途中，它们相继发射了数百枚导弹。
接到导弹来袭预警的3000架空间飞行器并未释放任何诱饵弹，拦截这些导弹的任务交给了早前启航的水面、水下舰艇编队。
此刻，它们正静默在茫茫的大洋之上，距离交战区域约300海里。
这支水面、水下编队便是承担第二轮打击任务的25支航母编队及12支战略核潜艇编队，除了上述任务外，它们还将承担着护航空中力量的重任。
这正是危机计划署最高军事执行委员会的高明之处，利用驱逐舰和潜艇的反导系统，能有力地保护执行空袭作战机群的安全，远比传统的释放诱饵弹和动作规避更有效果和实战意义。
就在暗河公司那仅存的1000余架战机和空间飞行器，向追击的3000架空间飞行器发射导弹后，25支航母编队中的225艘驱逐舰和12支战略核潜艇编队中的135艘潜艇其反导系统迅速响应，在短短的5秒钟内全部锁定了来袭的那数百枚导弹。
锁定后3秒钟，5000余枚空对空导弹从水面、水下悉数射出，它们就像一把把刺破天宇的利剑，拖着汹涌的尾焰高速冲向了目标。
3分钟后，反导导弹全部击中了来袭的导弹，漆黑的天幕中，随着一朵朵绚烂的火球相继炸裂，所有的导弹化作一团团烟雾坠向了波涛汹涌的大海之中。
攻击过后10秒，3000架空间战机向仅存的暗河公司的空中力量展开了反击，在数波次导弹的齐射过后，双方的战机互相交织在了一起，爆发了惨烈的近距格斗。
无论是战机数量，还是性能，危机计划署均占有压倒式的优势，短短的30分钟之内，暗河公司的剩余空中力量便被悉数全歼，而己方只损失了区区50架空间飞行器。
至此，暗河公司的所有空中力量被全部消灭殆尽。
参战的危机计划署的所有武装力量还没有来得急庆祝，从暗河公司不同的地方升起了一团闪着亮光的飞行器，它们就像一群密集的萤火虫，扑天盖地地出现在了高空之中。
它们并不是飞行器，而是高达3万个飞行战斗机甲，是暗河公司新研制的新式智能武器。
这些飞行战斗机甲具备了空间飞行器的大部分性能，除了航程不及之外，其它方面并不逊色，尤其是其所具备的超强机动性，使得空间飞行器望尘莫及。
短距攻击和近身格斗是它们的强项。
它们最远能航行到地球的高空轨道，还配备有火力强大的武器系统。
更为可怕的是，它们具备了人工智能的能力。