杨清源参照原本大理寺的制度，将大理寺划分为明秋司、察毫司、缉盗司、广闻司、镇狱司、天秩司、断罪司，七个部门。
明秋司，负责刑案要案的主要侦查以及搜集证据、调查巡防等一系列刑侦工作，明秋司以大理寺推官狄知远为明秋司司主。
勘微察毫，罪证难逃即为察毫司，负责刑案现场的痕迹检验，尸体的勘验等技术侦查类的工作，以勘验大师宋惠父为察毫司司主。
缉盗司，暂时由铁成铉主持，铁成铉出身武当，江湖之上也有些人脉关系，正好负责追捕江湖的恶徒大盗。
监察天下，广闻八方，广闻司，大理寺的情报部门。这是大理寺目前起步最艰难的部分，好在杨清源控制了漕帮，又和天机楼的天机子有几分交情，不然这广闻司就真成白手起家了。广闻司杨清源暂时交给了姬瑶花负责，因为实在没什么合适的人选了。
镇狱司，字面上，是大理寺中看押重犯的职能部门，但是在前文华殿大学士，大理寺卿蓝惟庸手中，镇狱司却是大理寺的最强战力。
当年蓝惟庸事败自杀，大理寺被太祖肢解，镇狱司便被编入了太祖亲军，成了今日之锦衣卫，镇狱司战力可见一斑。这个部门最适合叶剑寒了！
不需要动脑子！
至于天秩司，就是一个文职属性的部门，负责大理寺的文书、后勤工作，暂时由老辛负责，当然，这也是暂时的，天秩司真正的职能是在整肃江湖，略有成效之后。
断罪司，这才是大理寺作为三法司最正经的部门，负责案件审理。此司不设主事之人，在有大案发生之时，由杨清源亲自主持工作。
如此一个功能齐备的大理寺便新鲜出炉了，当周帝看到杨清源改制奏本之后，才发现这个小家伙的野心之大。
若是按照杨清源的结构来重建，大理寺便会恢复成那个执掌天下刑律的最高政法机关。
但杨清源不是蓝惟庸，也没有明教在朝中兴风作浪。
思虑再三之后，周帝准奏此事。
暗六部更像是情报部门，这么多年除了六扇门和神侯府，其余四部对于江湖一直没有太好的制衡手段，大理寺正是承载这个任务诞生的。
江湖有多强大，周帝是知道的，不是每个人都怀着学得文与武卖于帝王家的目的。
真正的武学高手，心中沟壑，感悟天地，岂能郁郁于皇权之下，即便是想要权财，也有自己的方法。
现在朝中的洞玄之上的高手，多是志向于此，真正彻底忠于周帝的，也仅有东西两厂的两位厂长。
若是即想要整肃江湖，又想对大理寺多加束缚，最终可能只是再培养一个暗六部出来而已。
得到了周帝的御批回复之后，杨清源的大理寺改革开始了。
但是在这期间，杨清源还做了一件事情。
杨过母亲的遗蜕尚没有送回嘉兴，但是杨过年纪尚小，而且路途遥远，杨清源自己又没有空闲，一直耽搁着。
思虑再三，杨清源决定让杨过前往嘉兴。而且当日郭靖夫妇已经答应担任大理寺的客卿，但是令牌和银两一直没有发放，杨清源便有意让杨过走这一趟。
但是杨过一人独自前往，杨清源难以心安，杨清源便来到了一家镖局门口，打算托个活镖。
这家镖局在京城之中，名声不显，但是杨清源却知道，父子二人，俱是人杰。